Myślę że tu będzie problem ponieważ.
Główny swf ładuje drugi swf z podfolderu, a ładowany swf ma adresacje do plików np. /katalog/jakis_plik
Gdy ten swf załadujesz do głównego swf to zmieniasz adresacje, bo swf ładowany szuka folderu /katalog/jakis_plik w folderze głównym. A ty masz zapewne /podkatalog/katalog/jakis_plik
Zmień te ułożenie folderów i daj znać czy pomogło.
Główny swf ładuje drugi swf z podfolderu, a ładowany swf ma adresacje do plików np. /katalog/jakis_plik
Gdy ten swf załadujesz do głównego swf to zmieniasz adresacje, bo swf ładowany szuka folderu /katalog/jakis_plik w folderze głównym. A ty masz zapewne /podkatalog/katalog/jakis_plik
Zmień te ułożenie folderów i daj znać czy pomogło.