Problem z kodem html

[Kartofelek]

Źle sądzisz. Kod strony jest interpretowany od początku do końca - czyli od góry do dołu. Jeżeli twoje skrypty nie przeprowadzają operacji na elementach strony (inputy itp) to nie ma problemu. Możesz sobie to odpalać jak chcesz.
Jeżeli jednak takie operacje robią to te inputy muszą być wczytane przed skryptami.
Umieszczenie skryptów na końcu strony służy właśnie temu. Plus jak pisałem, jak pisał petro i jak jeszcze raz napiszę NAJWAŻNIEJSZA JEST TREŚĆ STRONY. Dyskutować w tej materii nie ma sensu.

Oczywiście że można umieszczać skrypty na początku strony. Bardzo dużo osób tak robi (sam też tak często robię). Ale wtedy musisz wykryć wczytanie całego drzewa struktury strony. Można wykorzystać do tego window.load, ale jest to bardzo złe rozwiązanie, bo zdarzenie to jest odpalane dopiero po wczytaniu wszystkiego - z grafikami włącznie (czyli źle!). Tłumaczyć więcej nie będę, bo nie ma sensu.
Zostań przy radzie, by umieszczać skrypty na końcu strony. I nie jest to zła rada. Wystarczy że spojrzysz sobie na "html5 boilerplate" (google) by zobaczyć że jest to ZALECANE DZIAŁANIE.

Ps. http://doman.art.pl/kursjs/kurs/wstep/js_vs_java.html